Arrêt maladie d'un salarié : obligations de l'employeur, indemnités et maintien de salaire

Sommaire

1. Déclarer l'arrêt : qui fait quoi ?
2. Les délais à respecter
3. Les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS)
4. Le maintien de salaire par l'employeur
5. La subrogation
6. L'incidence sur le bulletin de paie
7. Arrêt maladie et congés payés
8. Les points de vigilance
9. Questions fréquentes

L'arrêt maladie est l'évènement le plus fréquent de la vie d'une paie, et l'un des plus techniques. Entre les indemnités de la Sécurité sociale, le complément employeur, la convention collective et les éventuelles garanties de prévoyance, le calcul croise plusieurs règles. Voici le déroulé, étape par étape.

Déclarer l'arrêt : qui fait quoi ?

L'arrêt est prescrit par un médecin, le plus souvent de façon dématérialisée. Le salarié doit ensuite :

• transmettre l'avis d'arrêt de travail à sa caisse d'Assurance maladie ;
• informer son employeur et lui adresser le volet qui lui est destiné, pour justifier son absence.

L'employeur, de son côté, transmet à l'Assurance maladie les informations nécessaires au calcul des indemnités journalières. Aujourd'hui, cette « attestation de salaire » prend la forme d'un signalement d'arrêt de travail en DSN. Voir notre article sur la DSN.

Les délais à respecter

Un signalement tardif retarde le versement des indemnités au salarié, ou à l'employeur en cas de subrogation. C'est le premier point à sécuriser.

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS)

L'Assurance maladie verse des indemnités journalières au salarié qui remplit des conditions minimales d'activité (durée de travail ou montant de salaire cotisé sur une période de référence).

• Délai de carence : les IJSS sont versées à partir du 4e jour d'arrêt. Les 3 premiers jours ne sont pas indemnisés par la Sécurité sociale.
• Montant : 50 % du salaire journalier de base, calculé sur la moyenne des salaires bruts des 3 mois précédant l'arrêt (total divisé par 91,25).
• Plafond : depuis le 1er avril 2025, le salaire pris en compte est limité à 1,4 fois le SMIC mensuel.
• Fiscalité : les IJSS supportent la CSG et la CRDS et sont, en principe, imposables.

Exemple : un salarié payé 2 400 € brut par mois depuis plus de 3 mois. Salaire journalier de base : 3 × 2 400 / 91,25 ≈ 78,90 €. IJSS brutes : 50 %, soit ≈ 39,45 € par jour. Pour un arrêt de 10 jours, 7 jours sont indemnisés après la carence : ≈ 276,15 €.

Le maintien de salaire par l'employeur

Le Code du travail oblige l'employeur à compléter les IJSS, sous conditions. Le salarié doit notamment :

• justifier d'au moins un an d'ancienneté ;
• avoir transmis son arrêt dans les 48 heures ;
• être pris en charge par la Sécurité sociale ;
• être soigné en France ou dans un État de l'Union européenne ou de l'Espace économique européen.

Le maintien légal démarre après un délai de carence de 7 jours (sauf accident du travail ou maladie professionnelle). Il garantit d'abord 90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue, puis 66,66 %, sous déduction des IJSS et des éventuelles indemnités de prévoyance financées par l'employeur.

La convention collective est donc décisive : c'est souvent elle, et non la loi, qui fixe le niveau réel du maintien.

La subrogation

Avec la subrogation, l'employeur maintient le salaire pendant l'arrêt et perçoit directement les IJSS à la place du salarié. Le salarié n'a pas d'avance de trésorerie à faire et reçoit une paie « normale ». La subrogation est facultative, sauf si votre convention collective l'impose. Elle suppose un suivi rigoureux : rapprocher chaque mois les IJSS reçues des montants attendus, et régulariser les écarts.

L'incidence sur le bulletin de paie

Un mois d'arrêt se traduit sur le bulletin par plusieurs lignes :

• l'absence, déduite du salaire selon la méthode retenue (heures réelles, jours ouvrés…) ;
• le complément employeur (maintien de salaire), soumis à cotisations comme un salaire ;
• en cas de subrogation, les IJSS, qui ne supportent pas les cotisations sociales mais la CSG et la CRDS, et qui entrent dans le net imposable ;
• le cas échéant, les indemnités de prévoyance, dont le traitement dépend du financement du contrat.

Pour bien lire ces lignes, consultez notre guide comment lire une fiche de paie.

Arrêt maladie et congés payés

Depuis la loi du 22 avril 2024, un salarié en arrêt maladie d'origine non professionnelle acquiert des congés payés, à raison de 2 jours ouvrables par mois, dans la limite de 24 jours par période de référence. L'employeur doit l'informer, après son retour, de ses droits à congés. Les règles sont détaillées dans notre article sur les congés payés.

Les points de vigilance

• vérifier les dispositions de la convention collective avant tout calcul ;
• suivre les arrêts successifs : la carence et les durées de maintien s'apprécient sur 12 mois ;
• déclarer le sinistre à l'organisme de prévoyance lorsque le contrat le prévoit ;
• organiser la visite de reprise lorsqu'elle est obligatoire ;
• en cas d'arrêts répétés ou de doute, l'employeur peut demander une contre-visite médicale.

Chez Codex RH, la gestion des arrêts de travail fait partie du traitement de la paie : signalements, calcul du maintien selon votre convention, subrogation et rapprochement des IJSS. Découvrez notre accompagnement paie.

Questions fréquentes